葉綠體基因組是獨立于核基因組外的胞器基因組,具有單獨的轉錄和轉譯系統。葉綠體基因組大小不足核基因組的萬分之一,但在每個細胞的拷貝數介於1,000~10,000,平均大小介於120~180 kb,是一個環形的雙鏈結構,主要為母系遺傳。葉綠體基因組主要結構為 Large Single-Copy (LSC)、 Small Single-Copy (SSC) region
與兩個重複序列區 Inverted Repeats (IRA
& IRB)。葉綠體基因組序列高度保守,近年來被廣泛應用於植物DNA barcoding與物種進化分析。其中常被用來進行DNA barcoding的區段有rbcL (1400bp), trnL-trnF (250-800bp), atpB-rbcL (1000bp), trnL intron (300bp), matK
(2600bp), trnT-trnL (400-800bp), 16S (1400bp)與 rpoC (3600bp)等等。
截至今日為止(2014年九月),已經有1,204 種完整葉綠體基因組被公布於NCBI database,相較之下目前已有多達38,778 種完整粒線體基因組被公布於NCBI database中。主要原因是植物葉綠體基因組較一般動物粒線體基因組大了約10倍,傳統利用Sanger定序法或是BAC/fosmid定序法效率較低,造成完整葉綠體基因組解析進度較慢。力鈞/威新生技公司採用最新NGS定序法,利用Illumina/Roche454定序儀配合優化後的de novo組裝程式,可以快速解析出如藻類、裸子植物與被子植物的完整葉綠體基因組 (70-200kb)。對於研究植物演化與利用葉綠體進行遺傳工程等相關研究有極大的助益。
截至今日為止(2014年九月),已經有1,204 種完整葉綠體基因組被公布於NCBI database,相較之下目前已有多達38,778 種完整粒線體基因組被公布於NCBI database中。主要原因是植物葉綠體基因組較一般動物粒線體基因組大了約10倍,傳統利用Sanger定序法或是BAC/fosmid定序法效率較低,造成完整葉綠體基因組解析進度較慢。力鈞/威新生技公司採用最新NGS定序法,利用Illumina/Roche454定序儀配合優化後的de novo組裝程式,可以快速解析出如藻類、裸子植物與被子植物的完整葉綠體基因組 (70-200kb)。對於研究植物演化與利用葉綠體進行遺傳工程等相關研究有極大的助益。