Illumina HiSeq 2000/2500
HiSeq 2000測序系統的優點
(1) 通量高: 每個run平均達到220G的資料量,單次運行即可以大於30倍的覆蓋度同時對兩個人類基因組樣品進行測序,或同時繪製200個基因表達譜。
(2) 成本較低,操作簡易,一般實驗室即可負擔得起實驗費用。
(3) 序列相對454較短,多數實驗室只能達到101 bp。
對於真核生物全基因組de novo組裝或以長轉錄本為研究目的的轉錄組組裝,目前國際上尚無法完全依賴HiSeq 2000或Solexa完成,即使是細菌基因組de novo組裝,只使用HiSeq 2000可能尚嫌不足。
但對於大規模的重測序研究以及small RNA、表達譜和表觀組的研究, HiSeq 2000以其高通量、低成本、易於操作的優勢已成為是目前應用最廣泛的測序平臺。
(1) 通量高: 每個run平均達到220G的資料量,單次運行即可以大於30倍的覆蓋度同時對兩個人類基因組樣品進行測序,或同時繪製200個基因表達譜。
(2) 成本較低,操作簡易,一般實驗室即可負擔得起實驗費用。
(3) 序列相對454較短,多數實驗室只能達到101 bp。
對於真核生物全基因組de novo組裝或以長轉錄本為研究目的的轉錄組組裝,目前國際上尚無法完全依賴HiSeq 2000或Solexa完成,即使是細菌基因組de novo組裝,只使用HiSeq 2000可能尚嫌不足。
但對於大規模的重測序研究以及small RNA、表達譜和表觀組的研究, HiSeq 2000以其高通量、低成本、易於操作的優勢已成為是目前應用最廣泛的測序平臺。
Roche 454 GS FLX+ 超長讀序系统
Roche 454 GS FLX+測序系統的優點
(1) 讀序長 : 單一讀長平均可高達800bp ! (最長可達1kb)
(2) 通量更高: 每個反應可以得到超過700-1000Mb數據 (大約是100萬條讀序)
(3) 準確性高: 讀長超過200 bp時,單一讀長的準確性可以超過99.5%對於真核生物全基因組de novo組裝或以長轉錄本為研究目的的轉錄組組裝,使用Roche 454平台可已得到較佳的組裝品質。但是其操作成本較 HiSeq 2000為高。
(1) 讀序長 : 單一讀長平均可高達800bp ! (最長可達1kb)
(2) 通量更高: 每個反應可以得到超過700-1000Mb數據 (大約是100萬條讀序)
(3) 準確性高: 讀長超過200 bp時,單一讀長的準確性可以超過99.5%對於真核生物全基因組de novo組裝或以長轉錄本為研究目的的轉錄組組裝,使用Roche 454平台可已得到較佳的組裝品質。但是其操作成本較 HiSeq 2000為高。